**文章题目：** 时空基因组分析肠道化生揭示胃癌进展中的克隆动态

**发表时间：** 2023年12月

**期刊名称：** 癌症细胞

**影响因子：** 5.03

**实验平台：** 单细胞测序、GeoMx DSP、全外显子测序（WES）、整体RNA测序

**面板：** 定制胃癌面板（277基因，来源于TCGA及其他研究报道的胃、食道和结直肠癌相关突变基因）

样本信息

① **患者信息：** 2980名年龄在50岁及以上的中国患者

② **时间跨度：** 2004-2015年

③ **取样区域：** 多个胃区域（幽门、胃体、贲门）

研究设计

单细胞空间组学的应用

在此研究中，利用单细胞测序技术对10名非癌症受试者进行scRNA-seq分析，识别出四种主要细胞类型：胃细胞群、肠道细胞群、免疫细胞群及基质细胞群。研究重点集中在胃和肠道谱系的亚群注释中，确定了两种胃细胞及四种肠道细胞类型。细胞比例分析表明，肠道细胞与胃细胞的比例减少与肠道化生（IM）严重程度存在明显相关性。此外，在特定细胞类别中（如胃LYZ+细胞和肠道干细胞）发现SOX9的基因表达显著上升。

GeoMx DSP的数据分析

选用胃癌（GC）患者的组织切片（n=8）进行GeoMx DSP检测，并结合单细胞测序数据来分析细胞类型的空间分布。研究表明，每个IM区域可以被标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。进一步的富集分析显示，干细胞显性的IM区域过表达与氧化磷酸化相关的基因集，而这些基因在GC区域的表达也显著。通过将肠干细胞及肠细胞的标记物进行层次聚类，结果发现干细胞显性IMs与恶性细胞群呈现相似的表达特征，而肠细胞主导型IMs与GC则显示出明显的异质性。这一发现表明，即使在同一患者中，IM也表现出明显的异质性。

文章总结

本研究利用单细胞空间数据分析，阐明了肠道细胞与胃细胞与肠道化生严重程度之间的关联，以及干细胞显性IM与恶性细胞群之间的表达特征相似性。其中，SOX9在特定细胞类型中（如胃LYZ+细胞和肠道干细胞）的高表达，进一步丰富了对胃癌进展机制的理解。

借助尊龙凯时的先进技术，研究团队能够深入解析胃癌病理进展，为未来的个性化医疗提供了重要依据。